El USGS dijo que el sismo se sintió a las 05.31 hora local del sábado (2031 GMT del viernes), a 84 kilómetros al este de Naha, en la isla de Okinawa y a unos 1.600 kilómetros al sur de Tokio.
La Agencia Meteorológica dijo que el sismo fue de magnitud 6,9.
El terremoto se produjo a 29 kilómetros de profundidad.
Los terremotos son comunes en Japón, una de las regiones con más actividad sísmica del planeta.
El país sufre alrededor del 20 por ciento de los sismos de magnitud 6 o más alta del mundo.
En octubre del 2004, un terremoto de magnitud 6,8 sacudió la región de Niigata, en el norte del país, dejando 65 personas muertas y más de 3.000 heridos.
Ese fue el sismo más mortal que golpeó el país desde que un terremoto de magnitud 7,3 sacudió la ciudad de Kobe en 1995, dejando más de 6.400 muertos.